2012年2月に東京地検特捜部によって逮捕された菊川氏は、起訴事実を大筋で認めました。東京地方裁判所で行われた公判において、検察側は「粉飾決算の規模は空前絶後であり、日本の資本市場に対する国際的信用を失墜させた」として懲役5年を求刑。
しかし、2013年7月の判決で裁判所が下したのは懲役3年、執行猶予5年でした。自身が不正を主導して私利私欲のために着服したわけではなく、過去の経営陣から引き継いだ負の遺産を処理する過程で生じたものである点や、事実関係を認めて謝罪している情状が考慮された結果です。検察・弁護側双方が控訴しなかったため一審判決が確定し、2018年には5年の執行猶予期間が無事に満了。法的な意味での刑罰はすでに終了しています。