歴史と自然が調和する名所である一方、現地を訪れる観光客や地域住民が最も直面しやすい現実的な課題が駐車場混雑です。
あがたの森公園には来園者用の無料駐車場が整備されているものの、収容台数はおよそ60台程度と、敷地の広大さに対して非常に限られています。特に春の花見シーズン、秋の紅葉期、そして「クラフトフェアまつもと」などの大型イベントが開催される週末には、開園直後から満車となり、駐車場待ちの車列が周辺道路に滞留する光景が常態化しています。
周辺は閑静な住宅街および通学路が入り組んでおり、入庫待ちのアイドリングや路上駐車は地域住民の生活環境にも影響を及ぼしています。松本駅東口からは徒歩で約20分、または松本周遊バス「タウンスニーカー」東コースを利用してアクセスすることが可能ですが、ファミリー層や遠方からの来訪者による自動車利用をどう制御・分散させるかが、公園管理上の慢性的な難題となっています。