展示内容の充実ぶりに対して、来館者から最も多く寄せられる実用面での懸念が週末や大型連休における駐車場混雑です。SNSや口コミサイト上の生の声を検証すると、「日曜日の11時に到着したら駐車場待ちの車列が国道1号線まで伸びていた」「箱根観光の渋滞と重なり、入庫までに40分以上かかった」という報告が少なくありません。
同館の無料駐車場（普通車約160台収容）は、小田原厚木道路の「荻窪IC」や西湘バイパス「箱根口IC」から至近という好立地にある反面、国道1号線の箱根方面へ向かう観光ルート上に位置しています。特に今回の昆虫コーナー拡張や夏休みの特別展シーズンは、開館時間の午前9時30分から10時30分の間に満車となるケースが頻発します。
この渋滞ストレスを完全に回避する現場目線の最適解が、箱根登山電車「入生田（いりuda）駅」からの徒歩アクセスです。小田原駅からわずか3駅（約8分）で到着する入生田駅から博物館までは、案内板に沿って徒歩3分という近さです。車で訪れる場合でも、小田原駅周辺のコインパーキングに駐車して電車で移動する「パーク・アンド・ライド」を活用することで、時間を大幅に節約できます。
