現在、駅の改札トラブルで最も頻発しているのが「交通系ICカードの取り扱い」をめぐる齟齬です。ICカードに定期券機能が付与されている場合と、単に電子マネー（ストアードフェア＝SF）として残額をチャージして使っている場合では、振替輸送における法的位置づけが180度異なります。
定期券（磁気定期券、ならびにモバイルSuica等を含むIC定期券）は、券面に記載された区間内の運賃を前払いしているため、振替輸送の対象として完全に保護されます。一方で、チャージ残額で改札を入場した乗客は、入場時にはまだ運賃を支払っておらず、下車駅の改札機で距離に応じた運賃が精算される契約形態をとっています。そのため、運行見合わせが発生しても「他社線を利用して迂回する契約」は引き継がれず、迂回先路線の正規運賃が別途差し引かれます。
かつて紙の切符時代に広く配られていた「振替乗車票」は、現在ペーパーレス化が進み、自動改札を介さない「有人改札での目視確認」が主流となりました。IC定期券の利用客であっても、迂回先の駅で自動改札機にICカードをタッチしてしまうと、システムはその路線を通常利用したと判定し、チャージ残額から引き去り処理を実行してしまいます。迂回ルートを利用する際は、必ず有人改札へ向かい、スマートフォンの画面またはカード券面を提示しなければなりません。
